平成28年8月26日、宮崎市自然環境調査（環境基本計画の基礎資料収集のための調査）を、水産試験場内水面支場、南九州水圏環境生物研究所とともに、石崎川水系2ヶ所、新別府川水系1か所、大谷川水系1カ所で魚介類、その他の水生動物について実施しました。
石崎川水系の西上那珂調査点では、魚類9種類、エビ・カニ類6種類、トンボの幼虫5種など、同じく下那珂調査点では魚類9種類、エビ・カニ類4種類、貝類2種類など、新別府川水系大島調査点では魚類10種類、エビ・カニ類2種類など、大谷川水系長嶺調査点では魚類9種類、エビ・カニ類3種類などが確認されました。
これらの中には、宮崎県RDBに搭載されているカワアナゴ、モツゴ、メダカ、タケノコカワニナ、コガタノゲンゴロウも確認されました。
石崎川（西上那珂調査点：A点） 同左（下那珂調査点：B点）
新別府川（大島調査点：C点） 大谷川（長嶺調査点：D点）
コイ（A点・C点） ギンブナ（C点・D点）
ニホンウナギ（A点・C点） 同左 若魚（B点)
ニホンナマズ（D点） カワアナゴ（C点・D点）
ドンコ（A点） モツゴ（C点・D点）
タモロコ（D点） メダカ（B点・C点）
タイリクバラタナゴ（D点） オオヨシノボリ（A・B・D点）
マハゼ（B点・C点） シマヨシノボリ（A点）
コトヒキ（B点） ヌマガエル（A点）
ミゾレヌマエビ（全点） テナガエビ（D点）
クロベンケイガニ（B・C点） コガタノゲンゴロウ（B）
タケノコカワニナ（B点）
